Три квалификациски натпревари ќе се играат за Завршниот турнир во машка конкуренција и уште четири средби во женска конкуренција. Првите натпревари се закажани за 26 јануари 2013 година.
Покрај прволигашките екипи чие учество е задолжително, за 21-то издание на Кошаркарскиот Куп на Македонија се пријавија уште две екипи од Втората лига – моментално најдобропласираните Апаве и Карпош Соколи 2000. Според тоа и пласманот во досегашниот дел од Првата лига, а согласно со пропозициите, Кожув, Лирија, Фени Индустри, Куманово 2009 и МЗТ Скопје Аеродром се петте екипи кои директно обезбедија место на Завршниот турнир (Фајнл 8) од Купот на Македонија во машка конкуренција. Преостанатите три места ќе им припаднат на екипите кои ќе бидат поуспешни во трите квалификациски дуели. Квалификациските натпревари ќе се играат на 26 јануари и 2 февруари, а ќе се сретнат:
Пелистер Спорт – Вардар
Карпош Соколи 2000 – Струмица
Апаве – Работнички
Победниците во трите двомеч дуели ќе ги комплетираат најдобрите осум, кои ќе настапат на Завршниот турнир во Купот на Македонија кој според усвоениот календар ќе се одржи од 28 март до 31 март 2013 година.